Władze państwowe, środowiska naukowe oraz instytucje badawcze aktywnie wykorzystują nowoczesne technologie i innowacyjne rozwiązania w zmaganiach z pandemią COVID-19.
Powstały narzędzia o otwartym kodzie źródłowym, a część z nich nadal przechodzi testy, mające na celu wsparcie globalnych wysiłków w minimalizowaniu negatywnych skutków tego niebezpiecznego wirusa.
Obecnie dostępny jest szereg otwartych rozwiązań, które wspomagają badaczy w lepszym zrozumieniu choroby, identyfikacji jej dróg rozprzestrzeniania, prewencji oraz ograniczaniu dalszej transmisji i śmiertelności. Wiele projektów jest dostępnych na stronie Ekosystem edukacyjny, gdzie znajdziemy informacje o ich wykorzystaniu.
Ten artykuł przedstawia wybrane narzędzia i biblioteki open source, które są stosowane w monitorowaniu, zapobieganiu, powstrzymywaniu, diagnozowaniu i leczeniu COVID-19.
Mapa monitorowania COVID-19
W styczniu, Centrum Nauki i Inżynierii Systemów JHU uruchomiło Globalną mapę monitorowania COVID-19, która szybko stała się globalnym, wiarygodnym źródłem danych o dynamicznie rozwijającej się pandemii w czasie rzeczywistym.
Mapa, działająca na zasadach otwartego oprogramowania, jest wykorzystywana w celach badawczych i wizualizacyjnych przez wiodące media, mniejsze organizacje oraz samorządy lokalne.
DXY-COVID-19-Crawler
DXY-COVID-19-Crawler to jeden z pierwszych projektów open source, opracowany w odpowiedzi na pandemię COVID-19 już w styczniu.
Twórcy bazowali na danych z DXY.cn, platformy używanej przez chińskich lekarzy do zgłaszania i śledzenia przypadków. Stworzyli robota internetowego, który pobierał dane z tej strony, udostępniając je następnie poprzez API oraz hurtownię danych. Kod źródłowy znajduje się na Github.
Otwarty zestaw danych
Zestaw otwartych danych (ODK) nie jest nowym narzędziem. Był on wykorzystywany już podczas epidemii eboli w Afryce Zachodniej w 2004 roku oraz podczas epidemii w Demokratycznej Republice Konga w 2019 roku.
Jego głównym zadaniem jest wsparcie użytkowników w zbieraniu, zarządzaniu i analizie danych w zakresie śledzenia kontaktów, mapowania strategicznego, wsparcia decyzji, edukacji społeczności oraz zarządzania przypadkami.
W obliczu COVID-19 społeczność ODK rozwinęła jego funkcjonalność, wprowadzając formularz zgłoszeniowy. Formularz ten jest zgodny z protokołami Światowej Organizacji Zdrowia dotyczącymi analizy przypadków, śledzenia kontaktów i badań.
Czołowi programiści oferują również bezpłatne wsparcie dla organizacji, które wdrożyły ODK w walce z COVID-19.
Nextstrain
Nextstrain śledzi ewolucję patogenów. W przeszłości wykorzystywany był do ustalania historii choroby w danej rodzinie, pozwalając tym samym przewidywać postęp choroby.
Z powodzeniem stosowano go w poprzednich epidemiach, takich jak Ebola. Dzięki danym genetycznym z Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Gisaid), Nextstrain jest wykorzystywany w walce z COVID-19.
DHIS2
Być może słyszałeś już o DHIS2. Jest to jeden z największych na świecie systemów zarządzania informacjami zdrowotnymi. Stosuje się go w ponad 70 krajach. W odpowiedzi na pandemię COVID-19, DHIS2 udostępnił cyfrowy pakiet danych, który przyspiesza identyfikację infekcji, raportowanie, nadzór i leczenie.
Pakiet danych cyfrowych DHIS2 wykorzystuje standardowe metadane, które są zgodne z protokołami WHO dotyczącymi definicji i nadzoru przypadków COVID-19, co przyspiesza wdrożenie i reakcję.
Pikobar Zachodnia Jawa
Indonezyjskie Centrum Informacji i Koordynacji ds. Chorób i Katastrof to centrum zarządzania kryzysowego, utworzone w celu łagodzenia i reagowania na pandemię COVID-19 w prowincji Jawa Zachodnia w Indonezji.
W ramach tej inicjatywy, Jabar Digital Service stworzyło narzędzie i aplikację internetową typu open source, która daje użytkownikom dostęp do aktualnych danych dotyczących COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS to system zarządzania opieką nad pacjentem, stosowany w wielu krajach rozwijających się na całym świecie. Dzięki elastyczności tego systemu OpenMRS kraje, których systemy opieki zdrowotnej są nadwyrężone, mogą go używać do nadzoru, badań przesiewowych i leczenia COVID-19.
System może zwiększyć ich możliwości, dając dostęp do informacji naukowych na temat zarządzania kryzysowego.
OpenLMIS
Projekt OpenLMIS bazuje na podejściu społecznościowym, rozwijając otwarty, regulowany system informacji o zarządzaniu logistyką. OpenLMIS ma za zadanie zwiększenie dokładności danych, odpowiedzialności, terminowości oraz przejrzystości danych.
System OpenLMIS ma usprawniać łańcuchy dostaw w sektorze zdrowia, zarządzanie inwentarzem środków medycznych, dając jasny obraz dostępnych zasobów, w tym testów i środków ochrony osobistej. Narzędzie to można skutecznie wykorzystać do wsparcia decydentów w alokacji zasobów w ramach walki z COVID-19.
Zdrowie
Globalny projekt mapowania placówek zdrowia ma na celu zmapowanie wszystkich placówek zdrowia na świecie, udostępniając detale dotyczące każdego szpitala. Informacje o placówkach zdrowotnych są dostępne poprzez API.
Współpracując z użytkownikami, zespół healthsites.io gromadzi i weryfikuje lokalizacje oraz dane kontaktowe każdej placówki, udostępniając te informacje bezpłatnie na licencji Open Data.
SORMY
SORMY (System Zarządzania i Analizy Odpowiedzi na Epidemię Nadzoru) to mobilny, otwarty system e-zdrowia. Został wprowadzony w celu realizacji procedur kontroli chorób oraz zarządzania epidemiami.
Z powodzeniem stosowano go w różnych krajach, m.in. w Ghanie, Nigerii, Nepalu i na Fidżi, w zakresie nadzoru i wczesnego wykrywania COVID-19.
SORMAS to bezpłatny system open source, który respektuje standardy ochrony danych.
Tokio COVID-19
W odróżnieniu od wielu innych miast i rządów, Rząd Metropolitalny Tokio stworzył stronę internetową open source, informującą mieszkańców o COVID-19. Dzięki temu, że jest to otwarte oprogramowanie, witryna doczekała się wkładu od ponad 200 użytkowników. Trzy inne miasta, Chiba, Nagano i Fukuoka, skopiowały tę stronę.
OpenELIS
Celem Systemu opieki zdrowotnej OpenELIS jest poprawa jakości opieki zdrowotnej poprzez zapewnienie progresywnego, opartego na standardach systemu zarządzania informacjami laboratoryjnymi, który może być wykorzystany w różnych inicjatywach zdrowotnych w celu ulepszenia metod leczenia.
Wybuch COVID-19 stanowi wyzwanie globalne w kontekście śledzenia kontaktów oraz masowych testów podejrzanych przypadków. OpenELIS można efektywnie wykorzystać w walce z COVID-19, wspierając śledzenie badań laboratoryjnych i ich wyników.
Społecznościowy zestaw narzędzi zdrowotnych to zbiór otwartych narzędzi i zasobów, mających na celu tworzenie i wdrażanie rozwiązań cyfrowych w społecznych inicjatywach zdrowotnych na terenach trudno dostępnych.
Społeczność programistów Community Health Toolkit zmobilizowała się, aby stworzyć narzędzia i zasoby wspierające pracowników ochrony zdrowia społeczności w walce z COVID-19.
CHIME
Model oddziaływania szpitala COVID-19 na epidemię (CHIME) to aplikacja open source, opracowana przez analityków danych z Penn Medicine – University of Pennsylvania. Jest to narzędzie online, pozwalające szpitalom przewidywać wpływ wirusa na zasoby opieki zdrowotnej.
Aplikacja wykorzystuje język Python oraz biblioteki open source pandas.
Mapa opieki COVID
Mapa opieki COVID wspiera mapowanie istniejących zasobów opieki zdrowotnej oraz prognozowanie braków łóżek szpitalnych, respiratorów, zaopatrzenia medycznego i personelu. Wszystkie metody, narzędzia do przetwarzania danych, wizualizacje i kod źródłowy są dostępne bezpłatnie, na zasadach open source.
Projekt COVID Care Map ma na celu przewidywanie i zapobieganie sytuacjom, gdzie konieczne jest wezwanie wsparcia w celu skutecznego leczenia gwałtownie rosnącej liczby zakażeń COVID-19 i pacjentów potrzebujących intensywnej terapii.
Locale.ai
Locale.ai opracowało otwartą, interaktywną wizualizację wszystkich potwierdzonych przypadków COVID-19 na całym świecie. Wykorzystuje dane z zestawu otwartych danych John Hopkins University.
Locale.ai stworzyło stronę wizualizacji COVID-19 przy użyciu popularnego frameworka Vue.js, co umożliwia programistom tworzenie nowoczesnych aplikacji internetowych.
COVID-19 na świecie
Ta aplikacja wykorzystuje wizualizację mapy do śledzenia rozprzestrzeniania się COVID-19, potwierdzonych przypadków oraz rozwoju choroby na całym świecie. Korzysta z danych z John Hopkins CSSE.
Śledzenie koronawirusa
To aplikacja Shiny stworzona przez Johna Coene. Śledzi rozprzestrzenianie się COVID-19 na podstawie danych z John Hopkins, DXY i Weixin. Aplikacja przedstawia liczbę podejrzanych, potwierdzonych i wyleczonych przypadków w czasie i regionie. Kod jest dostępny na Github.
Globalne przypadki COVID-19
Globalne przypadki COVID-19 to aplikacja Shiny autorstwa Christopha Schoenenbergera, która pokazuje rozwój pandemii na mapie, wykresach, tabelach i schematach. Kod źródłowy jest dostępny na Githubie.
Rządy i COVID-19
To aplikacja Shiny stworzona przez Sebastiana Engel-Wolfa. Prezentuje wykładniczy wzrost COVID-19, czas podwajania liczby infekcji, potwierdzone przypadki, śmiertelność oraz liczbę potwierdzonych przypadków na 100 000 osób w różnych regionach. Kod jest dostępny na Githubie.
Podsumowanie
Społeczność open source wykazała się szybką i efektywną reakcją na pandemię COVID-19. Wiele projektów powstało i nadal jest rozwijanych w celu zwalczania rozprzestrzeniania się choroby. Ten artykuł przybliżył niektóre z nich. Nie mamy pewności, jak choroba będzie ewoluować w kolejnych tygodniach. Z pewnością w walce z tą śmiertelną chorobą powstanie jeszcze wiele projektów wykorzystujących istniejące technologie open source.
Bądźcie bezpieczni!
Artykuł autorstwa dr Michaela J. Garbade’a, dyrektora generalnego Education Ecosystem
newsblog.pl