Rządy, naukowcy i instytucje badawcze wykorzystują technologię i innowacje do walki z COVID-19.
Opracowano narzędzia open source, a niektóre nadal są testowane w celu wspierania wysiłków podjętych w celu zminimalizowania skutków tego śmiertelnego wirusa.
Istnieje już szereg narzędzi open source, które pomagają naukowcom dowiedzieć się więcej o chorobie, zidentyfikować rozprzestrzenianie się, zapobiegać rozprzestrzenianiu się i minimalizować dalsze rozprzestrzenianie się i śmierć. Szereg projektów jest dostępny na stronie Ekosystem edukacyjny który opisuje, jak korzystać z różnych narzędzi.
W tym artykule omówiono niektóre narzędzia i biblioteki typu open source, które są używane do monitorowania, zapobiegania i powstrzymywania, diagnozowania i leczenia COVID-19.
Spis treści:
Mapa śledzenia COVID-19
W styczniu Centrum Nauki i Inżynierii Systemów JHU uruchomiło Globalna mapa śledzenia COVID-19 które szybko stało się zaufanym na całym świecie źródłem danych o rozwijającej się pandemii w czasie rzeczywistym.
Mapa jest open source i została wykorzystana do wspierania badań i wizualizacji przez czołowe organizacje medialne, małe organizacje i samorządy lokalne.
DXY-COVID-19-Crawler
DXY-COVID-19-Crawler to jeden z pierwszych projektów open source opracowanych w odpowiedzi na COVID-19 w styczniu.
Twórcy wykorzystali dane z DXY.cn, strony używanej przez chińskich lekarzy do zgłaszania i śledzenia przypadków. Opracowali robota sieciowego, który zbierał dane z witryny i udostępniał je za pośrednictwem interfejsu API i hurtowni danych. Kod jest dostępny na Github.
Otwarty zestaw danych
Zestaw otwartych danych (ODK) nie jest nowym narzędziem. Był już używany podczas epidemii eboli w Afryce Zachodniej w 2004 r. i nowszej epidemii w Demokratycznej Republice Konga w 2019 r.
Pomaga głównie użytkownikom zbierać, zarządzać i wykorzystywać dane w śledzeniu kontaktów, mapowaniu strategicznym, wspieraniu decyzji, uwrażliwianiu społeczności i zarządzaniu przypadkami.
Społeczność ODK jeszcze bardziej rozwinęła jego wykorzystanie w odpowiedzi na COVID-19, udostępniając formularz zgłoszeniowy w swoich wdrożeniach. Formularz został zaprojektowany zgodnie z protokołem Światowej Organizacji Zdrowia dotyczącym badania przypadków oraz śledzenia kontaktów i dochodzeń.
Wiodący programiści oferują również bezpłatne wsparcie dla każdej organizacji, która wdrożyła ODK w odpowiedzi na COVID-19.
Następnyszczep
Następnyszczep śledzi ewolucję patogenów. Wcześniej wykorzystywano go do ustalania historii choroby w rodzinie, umożliwiając w ten sposób przewidywanie progresji choroby.
Z powodzeniem stosowano go w poprzednich epidemiach, takich jak Ebola. Dzięki danym genetycznym z Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Gisaid), Nextxtrain jest wykorzystywany do walki z COVID-19.
DHIS2
Pewnie już wiesz DHIS2. Jest to największy na świecie system zarządzania informacjami zdrowotnymi. Jest używany w ponad 70 krajach. W ramach odpowiedzi na COVID-19 DHIS2 udostępnił cyfrowy pakiet danych, który przyspiesza wykrywanie infekcji, zgłaszanie, nadzór i leczenie choroby.
Pakiet danych cyfrowych DHIS2 wykorzystuje standardowe metadane, które są zgodne z protokołem WHO dotyczącym definicji i nadzoru przypadku COVID-19, aby umożliwić szybkie wdrożenie i reakcję.
Pikobar Zachodnia Jawa
Indonezyjskie Centrum Informacji i Koordynacji ds. Chorób i Katastrof to centrum reagowania kryzysowego utworzone w celu łagodzenia i reagowania na COVID-19 w prowincji Jawa Zachodnia w Indonezji.
W ramach odpowiedzi firma Jabar Digital Service opracowała narzędzie i aplikacja internetowa typu open source która umożliwia użytkownikom dostęp do najnowszych danych dotyczących COVID-19.
OtwórzMRS
OpenMRS to system opieki nad pacjentem używany w wielu krajach rozwijających się na całym świecie. Dzięki elastyczności ww systemu OpenMRSkraje, których zasoby opieki zdrowotnej są nadwyrężone, mogą go używać do nadzoru, badań przesiewowych i leczenia COVID-19.
System może pomóc im zwiększyć ich możliwości, dając im dostęp do informacji naukowych na temat radzenia sobie z kryzysem.
OpenLMIS
The Projekt OpenLMIS wykorzystuje taktykę skoncentrowaną na społeczności, aby opracować system informacji o zarządzaniu logistyką o otwartym kodzie źródłowym i regulowanym. System OpenLMIS ma na celu poprawę dokładności danych, zwiększenie odpowiedzialności, poprawę terminowości i widoczności danych.
System OpenLMIS ma na celu usprawnienie łańcuchów zaopatrzenia w zdrowie, inwentaryzację zasobów medycznych, aby zapewnić jasny obraz dostępnych środków medycznych, w tym zestawów testowych i środków ochrony indywidualnej. Narzędzie to można skutecznie wdrożyć, aby wesprzeć decydentów w alokacji zasobów w odpowiedzi na COVID-19.
Zdrowie
The Globalny projekt mapowania ośrodków zdrowia to projekt mający na celu zmapowanie każdej placówki służby zdrowia na świecie i udostępnienie szczegółów każdego szpitala. Dane dotyczące placówek służby zdrowia zostały udostępnione poprzez API.
Współpracując z użytkownikami, zespół healthsites.io przechwytuje i weryfikuje lokalizację i dane kontaktowe każdej placówki służby zdrowia oraz udostępnia dane bezpłatnie za pośrednictwem licencji Open Data.
SORMY
SORMY (System zarządzania i analizy odpowiedzi na epidemię nadzoru) to mobilny system e-zdrowia typu open source. Został wdrożony w celu wdrożenia procedur zwalczania chorób, a także procedur zarządzania epidemiami.
Został skutecznie wdrożony w kilku krajach, w tym w Ghanie, Nigerii, Nepalu i na Fidżi, do nadzoru i wczesnego wykrywania COVID-19.
SORMAS to darmowy system typu open source, który przestrzega standardów ochrony danych.
Tokio COVID-19
W przeciwieństwie do wielu innych miast i rządów, Rząd Metropolitalny Tokio stworzyło stronę internetową typu open source, która informuje swoich mieszkańców o COVID-19. Dzięki temu, że jest to open source, witryna widziała wkłady od ponad 200 użytkowników. Trzy inne miasta, Chiba, Nagano i Fukuoka, odtworzyły stronę internetową.
OpenELIS
Celem System opieki zdrowotnej OpenELIS jest poprawa opieki zdrowotnej poprzez zapewnienie progresywnego, opartego na standardach systemu zarządzania informacjami laboratoryjnymi, który może być wykorzystywany przez różne inicjatywy zdrowotne w celu poprawy opcji leczenia.
Wybuch COVID-19 stanowi globalne wyzwanie w zakresie śledzenia kontaktów i masowych testów podejrzanych przypadków. System OpenELIS można skutecznie wdrożyć w walce z COVID-19, aby ułatwić śledzenie testów laboratoryjnych i wyników.
The Społecznościowy zestaw narzędzi zdrowotnych to zbiór narzędzi typu open source, a także zasobów o otwartym dostępie, których celem jest tworzenie i wdrażanie narzędzi cyfrowych do wykorzystania w społecznych inicjatywach zdrowotnych w trudno dostępnych obszarach.
Społeczność programistów Community Health Toolkit zmobilizowała się, aby opracować narzędzia i zasoby, których celem jest wspieranie pracowników służby zdrowia społeczności w walce z COVID-19.
KURANT
The Model oddziaływania szpitala COVID-19 na epidemie (CHIME) to aplikacja typu open source opracowana przez analityków danych z Penn Medicine – University of Pennsylvania. Jest to narzędzie online, które pozwala szpitalom przewidywać wpływ wirusa na zasoby opieki zdrowotnej.
Jest rozwijany przy użyciu Pythona i zależności open source pandas.
Mapa opieki COVID
The Mapa opieki COVID pomaga w mapowaniu już istniejących zasobów opieki zdrowotnej oraz w prognozowaniu braków w łóżkach szpitalnych, respiratorach, zaopatrzeniu medycznym i personelu. Wszystkie metody, narzędzia do przetwarzania danych, wizualizacje i kod źródłowy są bezpłatne i open-source.
Projekt COVID Care Map ma na celu przewidywanie i działanie w celu wezwania wsparcia w celu skutecznej opieki nad szybko rosnącą liczbą zakażeń COVID-19 i osób wymagających intensywnej terapii.
Ustawienia regionalne.ai
Locale.ai opracowało otwartą, interaktywną wizualizację wszystkich potwierdzonych przypadków COVID-19 na całym świecie. Przeszukuje zbiór danych typu open source z John Hopkins University.
Locale.ai opracował Witryna wizualizacji COVID-19 przy użyciu popularnego frameworka Vue.js, który umożliwia programistom tworzenie nowoczesnych aplikacji internetowych.
COVID-19 na całym świecie
Ta aplikacja wykorzystuje wizualizację mapy do monitorowania rozprzestrzeniania się COVID-19, potwierdzonych przypadków i rozwoju choroby na całym świecie. Wykorzystuje dane z John Hopkins CSSE.
Śledzenie koronawirusa
Jest to aplikacja Shiny opracowana przez Johna Coene. Śledzi rozprzestrzenianie się COVID-19 na podstawie danych Johna Hopkinsa, danych DXY i Weixin. Aplikacja pokazuje liczbę podejrzanych, potwierdzonych i wyleczonych przypadków według czasu i regionu. Kod jest dostępny na Github.
Globalne przypadki COVID-19
Globalne przypadki COVID-19 to aplikacja Shiny opracowana przez Christopha Schoenenbergera, która pokazuje rozwój COVID-19 na mapie, wykresach, tabelach podsumowujących i rysunkach. Jego kod jest dostępny na Githubie.
Rządy i COVID-19
Jest to aplikacja Shiny opracowana przez Sebastian Engel-Wolf. Odwzorowuje wykładniczy wzrost COVID-19, dni do podwojenia liczby infekcji, potwierdzone przypadki, śmiertelność i liczbę potwierdzonych przypadków na 100 000 osób w różnych regionach. Kod jest dostępny na Githubie.
Podsumowanie
Społeczność open source szybko i skutecznie zareagowała na pandemię COVID-19. Wiele projektów zostało zbudowanych i nadal jest realizowanych w celu zwalczania rozprzestrzeniania się choroby. W tym artykule opisano niektóre z projektów. Nadal nie ma pewności, jak choroba będzie się rozwijać w nadchodzących tygodniach. Więcej projektów, które mogą wykorzystać istniejące technologie open source, znajdzie miejsce w walce z tą śmiertelną chorobą.
Bądź bezpieczny!
Artykuł autorstwa dr Michaela J. Garbade’a, dyrektora generalnego Education Ecosystem